در اين ايام جنگ بين مشروطهخواهان و مستبدين با فتح تهران توسط قواي بختياري و مجاهدين گيلاني پايان يافت و محمدعلي شاه از سلطنت خلع شد و احمدميرزا وليعهد به تخت سلطنت جلوس نمود. سپس به شيخ فضلالله پيشنهاد شد جهت تأمين جاني و مالي خويش به سفارت روس پناه ببرد ولي او نپذيرفت و شهادت را بر توسل به اجنبي ترجيح داد.
جمعي از معاندان به منزل شيخ رفته او را دستگير نمودند و به ميدان توپخانه بردند، وي در محكمه انقلابي كه دادستانش شيخ ابراهيم زنجاني بود به اعدام محكوم شد و يپرم خان ارمني كه رياست نظميه را به عهده داشت حكم را به اجرا درآورد و شيخ به دار آويخته شد و پس از لحظاتي چراغ عمرش خاموش شد.
مرحوم شيخ فضلالله كه اعلم بر علماي آن روز بود صاحب تأليفات عديدهاي است از جمله: تذكره الغافل و ارشادالجاهل و صحيفه مهدويه و چندين اثر ديگر... وي شعر را نيز نيكو ميسرود و چندين قصيده در مدح امامان و اهل بيت (ع) به خط و انشاي وي موجود است.
ــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــ
منابع و مآخذ:
1. مهدي بامداد، شرح حال رجال ايران، تهران، زوار، 1347. ج 3.
2. علي ابوالحسني، خانه بر دامنه آتشفشان! شهادت شيخ فضلالله نوري، تهران، مؤسسه مطالعات تاريخ معاصر ايران، 1382.
3. دائره المعارف دانش. ج 2. ص ز - 119
4. باقر عاقلي، شرح حال سياسي و نظامي معاصر ايران، تهران، نشر گفتار، 1380. ج 3.